Het Gouverneurshuis heeft drie verdiepingen: de begane grond, een eerste verdieping met tuin en een zolder.
Begane grond
Op de begane grond bevinden zich o.a. het portiers huisje met politiebewaking, het kantoor van de adjudant van de gouverneur, de garages voor de dienstauto’s van de gouverneur en een ontvangstruimte voor gasten die per lift het Gouverneurshuis betreden.
Eerste verdieping
De eerste verdieping van het Gouverneurshuis kan per trap of per lift worden betreden. Hier bevinden zich de ontvangsthal, de werkkamer van de gouverneur, de receptiezaal waar onder andere beëdigingen en naturalisatieceremonies worden gehouden, de balkonkamer met uitzicht op de haven, een gang met aan weerszijden portretten van voormalige gouverneurs, een keuken, een grote en een kleine eetkamer, drie aaneengesloten salonkamers en een hoofdslaapkamer met badkamer.
Tuin
Vanaf de balkonkamer is er een doorgang naar de tuin van het Gouverneurshuis. Deze kan overigens ook vanaf de begane grond worden betreden middels een pad omhoog. Vanuit de beklinkerde tuin is er uitzicht op een deel van de binnenstad, op de Emmabrug en op de haven. Deze tuin wordt gebruikt voor de nieuwjaars- en koningsdagreceptie van de gouverneur. Ook neemt de gouverneur vanuit de tuin het saluut in ontvangst bij de eerste binnenkomst van een nieuw stationsschip van de Marine.
Zolder
De zolderverdieping bestaat uit een zo genoemde grote zolder en een kleine zolder. Hier bevinden zich de privévertrekken van de gouverneur en haar familie.